为落实国家发展改革委等9部门联合印发的《关于促进我国现代物流业发展的意见》精神，解决物流企业反映的税收问题，国家税务总局于2005年12月29日和2006年3月18日分别下发了《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》和《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》。现全文转载如下：

国家税务总局关于试点物流企业有关税收政策问题的通知
国税发[2005]208号

各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
    为促进现代物流业发展，根据国家发展和改革委员会 商务部 公安部 铁道部 交通部 海关总署 国家税务总局 中国民用航空总局国家工商行政管理总局《印发关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》（发改运行〔2004〕1617号）精神，对国家发改委和国家税务总局联合确认纳入试点名单的物流企业及所属企业（以下简称试点企业）的有关税收政策问题通知如下： 
    一、关于营业税政策
　　（一）交通运输业务
　　1.试点企业开展物流业务应按其收入性质分别核算。提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票。凡未按规定分别核算其营业税应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。
    2.试点企业将承揽的运输业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他运输企业的运费后的余额为营业额计算征收营业税。
    3.试点企业适用《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发〔2003〕121号）规定的“货物运输业营业税纳税人认定和年审试行办法”。对被取消自开票纳税人资格的试点企业，同时取消对该企业执行本通知规定的税收政策，并报国家发改委和国家税务总局备案。
   （二）仓储业务
    试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。
   （三）关于营业额减除项目凭证管理问题
    营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证；支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。
    二、关于货物运输业发票抵扣增值税问题
　　（一）增值税一般纳税人外购货物（未实行增值税扩大抵扣范围企业外购固定资产除外）和销售应税货物所取得的由试点企业开具的货物运输业发票准予抵扣进项税额。
    （二）准予抵扣的货物运费金额是指试点企业开具的货运发票上注明的运输费用、建设基金；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。
    三、试点企业应定期将经营情况报送所在地地方税务局。国家发改委、国家税务总局将采取定期或不定期方式，抽查试点企业经营情况。对违反有关规定的企业，国家发改委、国家税务总局取消其试点资格。
    四、各地地方税务机关对试点工作中出现的问题，应及时上报国家税务总局（流转税管理司）。同时，可以根据本地区物流行业发展的实际情况，选取具有一定经营规模、管理集约化并依法纳税的现代物流企业，向国家税务总局推荐参与试点。被推荐的企业经国家发改委、国家税务总局联合确认后，纳入试点物流企业名单。
    五、本通知自2006年1月1日起执行。
　　附件：试点物流企业名单（略）

国家税务总局
二○○五年十二月二十九日

国家税务总局关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知
国税函[2006]270号

各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
    根据国家发展和改革委员会等九部门《印发关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》（发改运行〔2004〕1617号）的有关精神，按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及其实施细则的有关规定，为了促进现代物流业的发展，增强物流企业竞争力，现就物流企业缴纳企业所得税有关问题通知如下：
    一、物流企业在同一省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域机构（包括场所、网点），凡在总部统一领导下统一经营、统一核算，不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，其企业所得税由总部统一缴纳，跨区域机构不就地缴纳企业所得税。凡不符合上述条件之一的跨区域机构，不得纳入统一纳税范围，应就地缴纳企业所得税。
    二、上述物流企业，是指具备或租用必要的运输工具和仓储设施，至少具有从事运输（或运输代理）和仓储两种以上经营范围，能够提供运输、代理、仓储、装卸、加工、整理、配送等一体化服务，并具有与自身业务相适应的信息管理系统，经工商行政管理部门登记注册，实行独立核算、自负盈亏、独立承担民事责任的经济组织。
    三、物流企业统一缴纳企业所得税，由总部（总机构）向所在地省级主管税务机关提出申请，经省级主管税务机关审核确认后，通知相关主管税务机关执行。
    四、物流企业申请统一缴纳企业所得税，应在申请统一纳税年度的3月31日以前，向总部所在地省级主管税务局提出统一纳税的申请报告，并附送总部和跨区域机构的营业执照、税务登记证（复印件）、企业章程、企业财务核算制度、总部与其跨区域机构的资产关系证明、总部上年度会计报表和纳税申报表、跨区域机构名单及所在地等资料。
    五、统一缴纳企业所得税的物流企业（包括总部和跨区域机构）所在地的主管税务机关，要按照国家税务总局有关对汇总合并纳税企业实施管理的文件精神，加强对总部和跨区域机构的税收管理和监督。

国家税务总局
二○○六年三月十八日

来源：国家发展和改革委员会经济运行局子站